东莞市深粮物流有限公司是深粮集团在东莞市麻涌镇注册的控股子公司，旨在投资建设深粮东莞粮食物流节点项目，规划总投资23亿，占地700亩，建设81万吨粮食仓储设施，4个20000吨级散粮泊位和6个千吨级小型泊位，配套小麦饲料及食用油加工，以及粮油电商交易中心、粮油产品研发中心、粮油检测中心和粮商服务中心等设施，打造成为集粮油码头、中转储备、加工产业、物流配送、粮油交易五大功能于一体、实现粮食、电子商务、现代物流等行业的交流融合的粮食供应链优质服务商。其建成投产，将有力推动传统的粮油加工贸易向服务型行业的转型，实现集团提出的再造“一个深粮”的宏伟目标。
东莞市深粮物流有限公司建立以来，荣获了“2015年度、2016年度广东省守合同重信用企业”、“2016年东莞市重点农业龙头企业”、“东莞市麻涌镇推动重点企业规模与效益倍增计划试点企业”、“广东省“粮安工程”粮库智能化升级改造项目试点单位”、“国家重点支持粮油产业化龙头企业”、“广东省农业龙头企业”等称号。同时也先后获得质量管理体系、职业健康安全管理体系和环境管理体系三项管理体系证书、进口粮谷加工储备备案登记证书等。
深粮粮食物流节点项目按照统一规划、分期实施原则，于2014年7月动工，目前公司已完成32万吨仓容、食品码头的建设并已投入使用，粮油总部、一期码头、小麦加工及46万吨粮库项目在建，计划在明后年交付使用。